PCR扩增检验实验室原则上分为四个单独的工作区域：试剂贮存和准备区、标本制备区、扩增反应混合物配制和扩增区、扩增产物分析区。为避免交叉污染，进入各个工作区域必须严格遵循单一方向进行，即只能从试剂贮存和准备区→标本制备区→扩增反应混合物配制和扩增区→扩增产物分析区。 各实验区之间的试剂及样品传递应通过传递窗进行。
临床PCR实验室设计的“16字口诀”：各区独立、注意风向、因地制宜、方便工作。
(1)在物理空间上，必须是完全相互独立的，各 区域无论是在空闲还是在使用中，应始终处于 完全的分隔状态; (2)不能有空气的直接相通。
墙面：主体结构建议使用彩钢板围护，墙面光洁、不产尘积尘、耐腐蚀，易清洁、无缝隙；
地面：建议使用PVC卷材，、耐腐蚀、无缝隙、无渗漏；
阴阳角：均采用圆弧角密封处理，不易积尘；
传递窗：必须设置互锁(机械或电子)；
主入口：实验室主入口设有门禁管理；
通风系统：避免交叉污染；
排风系统：宜设置过滤器净化；
气流组织：采用上送下排形式；
压力梯度：压力梯度控制通过微压差计及精密自控系统控制；
排水系统：排水系统应不渗漏，下水应有防回流设计。
应急用电：应有紧急发电设备或双回路供电。关键设备应配备足够的UPS并接入设备。
防护设施：设置洗眼装置，必要时应有应急喷淋装置；设置非接触式操作理念(感应式水、感应式自动门、互锁传递窗等)。
PCR实验室又叫基因扩增实验室，实时荧光定量PCR技术是DNA定量技术的一次飞跃，是用于放大特定的DNA，可看作生物体外的特殊DNA。通过DNA基因系统，能迅速掌握患者体内的病毒含量，其度高达纳米级别。
PCR检测方法具有灵敏度高、特异性高、快捷、对样品要求低等优点，因此被临床医生广为认可，已广泛应用于医院的临床诊断和各防疫检测部门的禽疫病诊断。
在国家政策和疫情发展的推动下，各地区各级医院都开始或者准备建立独立合规的PCR实验室，都已具备核酸检测能力已经成为各机构。但由于各地区疫情的差异化使得长期低风险地区的一些核酸实验室除了具备应急功能之外几乎处于停滞状态。此类情况也是各级医院领导在建立实验室担心的问题，投入了资金和精力但又不能给医院带来创收。
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