样本间交叉污染
主要是在采（取）样的过程中，由于取样工具之间的交叉造成污染；或者在核酸提取的过程中，由于移液器、离心管等使用不当导致的污染。
PCR试剂的污染
主要是在PCR试剂配制过程中，由于移液器、容器、阴性对照及其它试剂被核酸模板或阳性对照污染。
质粒的污染
在实验室操作中经常会用到阳性参考品，这些阳性参考品大多数是由某些质粒制作而成，质粒在单位容积内浓度高，不小心使用极易造成污染。
PCR扩增产物污染
这是PCR反应中常见的污染问题。因为PCR产物拷贝量大，远远高于PCR检测数个拷贝的极限，所以极微量的PCR产物污染，就可造成假阳性结果。还有一种容易忽视，可能造成PCR产物污染的形式是气溶胶污染，在空气与液体面摩擦时就可形成气溶胶，据计算一个气溶胶颗粒可含4.8万拷贝，因而由其造成的污染是一个值得特别重视的问题。
PCR实验室又叫基因扩增实验室，实时荧光定量PCR技术是DNA定量技术的一次飞跃，是用于放大特定的DNA，可看作生物体外的特殊DNA。通过DNA基因系统，能迅速掌握患者体内的病毒含量，其度高达纳米级别。
PCR检测方法具有灵敏度高、特异性高、快捷、对样品要求低等优点，因此被临床医生广为认可，已广泛应用于医院的临床诊断和各防疫检测部门的禽疫病诊断。
在国家政策和疫情发展的推动下，各地区各级医院都开始或者准备建立独立合规的PCR实验室，都已具备核酸检测能力已经成为各机构。但由于各地区疫情的差异化使得长期低风险地区的一些核酸实验室除了具备应急功能之外几乎处于停滞状态。此类情况也是各级医院领导在建立实验室担心的问题，投入了资金和精力但又不能给医院带来创收。
需要注意以下问题：
实验室使用的基因扩增仪，荧光定量PCR仪都是高精度仪器。一旦仪器出现一些温度或者检测上的小偏差，则很可能对实验结果产生较大的影响。因此，学会日常保养和维护是尤为重要的。
1、仪器安置
仪器应安放在湿度较低、灰尘较少并远离水源和热源的地方，无腐蚀性气体或强磁场干扰。
环境温度建议在18~35℃之间。仪器之间应保持50cm 以上距离，降低仪器之间的影响。
2、样品台、热盖定期清洁
用95%乙醇配合棉签、无尘布等工具，清洁样品台。之后运行PCR仪，设定保持温度为50℃，约5~10min，让残余液体挥发去除。另外，热盖也应该用酒精或纯水定期清洗，确保热盖清洁，温控性能良好。对于荧光定量PCR，清洁样品台和热盖的同时，去除灰尘等杂物，保证光路清洁，降低信号干扰。
3. 使用前预热
老款的PCR仪的性能比不上新款仪器，使用前需要进行预热，不仅对仪器维护有好处，还能节约实验时间。新款的仪器升温快，但还是建议能在进行实验前预热2min，这样可以有效延长仪器的使用寿命。
4. 定期运行维护
1.PCR仪器需要定期检测，视制冷方式而定一般半年至少一次。
2.PCR反应的要求温度与实际分布的反应温度是不一致的，当检测发现各孔平均温度差偏离设置温度大于1～2℃时，可以运用温度修正法纠正PCR实际反应温度差。
3.PCR反应过程的关键是升、降温过程的时间控制，要求越短越好，当PCR仪的降温过程超过60s，就应该检查仪器的制冷系统，对风冷制冷的PCR仪要较地清理反应底座的灰尘；对其他制冷系统应检查相关的制冷部件。
4.一般情况如能采用温度修正法纠正仪器的温度时，不要轻易打开或调整仪器的电子控制部件，必要时要请人员修理或利用仪器电子线路详细图纸进行维修。
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