1、实验应在超净工作台或者生物安全柜内进行；
2、实验的过程中选择尺寸的手套并能及时更换，在进出不同实验区域或进行模板操作后都应更换实验服、口罩、帽子及手套，以避免不同实验区交叉污染；
3、装有PCR试剂的反应管在打开之前应先瞬时离心，将管壁及管盖上的液体离至管底，降低污染手套或加样器的风险；谨慎开启反应管，防止管内液体溅出或形成气溶胶导致污染；需要高温加热的样本，可采用封口膜进行PCR管盖密封，避免管盖应受热而发生弹开；
4、吸加试剂和模板的操作应严格按照规范要求进行，遵守“慢吸快打”原则，尽量一次性完成，忌多次抽吸，以避免气溶胶产生的交叉污染；
5、PCR试剂建议小量分装，以减少反复冻融、重复取样次数和反复使用过程中的试剂污染；多样本PCR反应时，先配制反应混合液分装至反应管中，加入样本核酸，请勿同时开盖，尽量保证单人单管，实现完全闭管操作；
6、实验试剂应与样品和PCR产物分开保存，不应放于同处；
7、PCR扩增实验完成后及时将反应管取出，用一次性手套或者塑封袋将产物反应管包裹丢弃，保证管盖紧闭；
8、实验室自配试剂（去离子水、缓冲液等）和所有使用器具在使用之前均应高压灭菌或紫外杀菌，尖、反应管等实验耗材应一次性使用。
PCR扩增检验实验室原则上分为四个单独的工作区域：试剂贮存和准备区、标本制备区、扩增反应混合物配制和扩增区、扩增产物分析区。为避免交叉污染，进入各个工作区域必须严格遵循单一方向进行，即只能从试剂贮存和准备区→标本制备区→扩增反应混合物配制和扩增区→扩增产物分析区。 各实验区之间的试剂及样品传递应通过传递窗进行。
临床PCR实验室设计的“16字口诀”：各区独立、注意风向、因地制宜、方便工作。
(1)在物理空间上，必须是完全相互独立的，各 区域无论是在空闲还是在使用中，应始终处于 完全的分隔状态; (2)不能有空气的直接相通。
1.实验室空调通风系统设计及压力控制
PCR实验室并没有严格的净化要求，但是为避免各个实验区域间交叉污染的可能性，宜采用全送全排的气流组织形式。同时，要严格控制送、排风的比例以保证各实验区的压力要求。
2.污染的预防与控制
PCR实验室设计的问题是如何避免污染。在实际工作中，常见的有以下几种污染类型：扩增产物的污染；天然基因组DNA的污染；试剂的污染以及标本间的污染。由于一旦发生污染，实验就必须停止，直到找到污染源为止，而且实验结果必须作废，需重新进行实验。所以发生污染后再围绕实验室来寻找污染源不但耗时而且繁琐，浪费人力物力。因此要避免污染，首先应是预防，而不是排除。
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